Huyện Lamphun, một trong những huyện gốc của tỉnh Surat Thani được quản lý từ thị xã Ban Na, nay là trung tâm của huyện Ban Na Doem. Ngày 1 tháng 7 năm 1938, trụ sở huyện đã được dời đến Na San và huyện đã được đổi tên thành Ban Na San năm sau.

Từ ngày 1 tháng 4 năm5 1976, khu vực xung quanh Ban Na được tách ra từ Ban Na San và thành lập tiểu huyện mới (king amphoe)[1]. Ban đầu tiểu huyện được chia thành hai tambon Ban Na và Tha Ruea. Ngày 15 tháng 8 năm 1982, tambon Sap Thawi đã được tách ra từ Tha Ruea, và ngày 1 tháng 7 năm 1983 tách Na Tai khỏi Ban Na.

Ngày 21 tháng 5 năm 1990, tiểu huyện đã được nâng thành huyện[2].